労働基準監督署へ申告する方法があります。
残業を命ずるには、いわゆる３６（サブロク）協定（労働基準法３６条において締結を求められている協定のことです）を会社と従業員の代表とが締結し、これを労働基準監督署に届け出ることが絶対に必要です。
もし、会社が３６協定を締結せずに、違法に長時間の残業を命じている場合には、労働基準監督署に申告し、調査をしてもらい、以後違法な残業命令を出さないように指導・監督をしてもらうことができます。３６協定で合意された時間を超過して残業を命じている場合も同じです。
労働基準監督署には名前を明らかにして申告することが必要ですが、労働基準監督署が事業場に調査に入る際には、申告者の名前を秘匿してもらうこともできます。ただ、調査に入ること自体、申告があったことを使用者に知らしめることとなりますから、申告がなされたこと自体も秘匿して欲しい場合には、調査に着手するまでに時間を要することになります。なお、労働者ではなくても、例えばその家族が申告することもできます。